Podle organizace Transparency International ČR (TI) má současný systém přidělování dotací z fondů EU v ČR vážné nedostatky: je nepřehledný, neprůhledný, nejednotný a dostupnost informací veřejnosti je nedostatečná.

Organizace se zúčastnila mezinárodního projektu, který zkoumal efektivní využívání zdrojů z fondů EU. Cílem je lepší příprava na rozdělování peněz mezi lety 2007 až 2013. Česká republika může obdržet v příštích sedmi letech ze strukturálních fondů téměř 700 miliard korun.

Mezi problémy celého systému patří podle TI realizace projektů bez strategického přístupu, bez dlouhodobé koncepce. V ČR jsou zadávány především menší projekty do 500.000 Kč. Děje se tak proto, aby jejich vypisování a výběr dodavatele byl co nejjednodušší. Výsledkem je ovšem velké množství duplicitních projektů a "mezery" mezi nimi.

Studie TI ovšem upozornila i na nedostatky u žadatelů o projekty. Ti častou nejsou schopni zajistit kvalitní realizaci projektu. Tento problém se objevuje především u neziskových organizací a obcí a je podle TI způsoben mimo jiné nedostatečnou kvalifikační úrovní jejich zaměstnanců. Stranou ovšem nezůstává i finanční stránka. Žadatelé totiž často nemohou zaručit dostatečnou částku na spolufinancování projektů, vyplývá ze studie TI.

"Finance alokované ze strukturálních fondů představují značný objem veřejných prostředků, které jsou v ČR rozdělovány ve velmi komplikovaném, nepřehledném a ne vždy dostatečně průhledném systému," sdělila Barbora Pěchotová z Transparency International. Velké nedostatky jsou samozřejmě i v Bruselu, prohlásila ředitelka Adriana Krnáčová.

"Projekty jsou vyřazovány kvůli formalitám. Někdy jsou žadatelé vyzváni k odstranění, příště zase ne," uvedla Pěchotová. České úřady také podle ní často nechtějí zveřejňovat informace o tom, jak výběrová řízení dopadla.

Podobná situace je podle Transparency International také na Slovensku, v Polsku, Maďarsku, Litvě, Estonsku a Lotyšsku.